大师天生聪颖灵异，淡泊世味。十七岁时，始入学堂学习。以学识及孝道著称于世。从二十七岁起相继受丧父、失子、亡母之苦，三十一岁时，闻听“万物皆有无常”的说法，进而感悟到人生的无常，同时发起出世的愿心，书“生死事大”四个大字立于案头，以自警策，并决意出家。

出家前，与妻子离别道：“恩爱无常，生死莫代，我要出家，你自保重。”妻子汤氏洒泪言：“君先行一步，我自有打算。”莲池大师于是作《七笔勾》诀后辞行，出家投西山性天和尚剃度，并就昭庆的无尘律师受具足戒，自号“莲池”，以表自己向往西方极乐世界的意志。

此后，大师云游四方，遍参各大善知识。北游至五台山，感应到文殊菩萨放光。后入京师，参遍融、笑岩两位长老，从中大受启悟。游方至东昌时，忽有悟，即作偈： “二十年前事可疑，三千里外遇何奇？ 焚香掷戟浑如梦，魔佛空争是与非。”

大师游方之时，还在为其母守孝，所以怀中常揣有母亲的灵牌，每次吃饭时必把灵牌供起来，睡觉前必把灵牌奉立，如此孝心可见!当大师游方至金陵(南京)瓦官寺时，发病几乎气绝，当时都要被火化了，大师才睁眼微言：“我一息还尚存呢!”这样才免一死。于病中，大师还坚持打禅期，在一起有五个人，大师连他人姓名都不知。

隆庆五年，大师一路乞食游方至杭州的五云山，见云栖山水色秀丽、幽寂，于是便在此结茅棚居住修行。山中多老虎，时常伤害当地百姓。大师心生慈悲，为这些老虎放“瑜珈焰口”，并诵经施食，此后老虎少有伤人之事发生。于是大师得到当地百姓的拥戴，为他建立禅堂、法堂，不久便成为了远近闻名的修学丛林。一年，五云山区大旱，村民乞请大师祷雨，大师笑答：“我只知道念佛，并没其他法术。”在众人坚持下，大师不得已，于是击木鱼循走于田埂间，边走边念佛，这时雨随下如注。村民们又异又喜，于是争相出资出力，为大师建造禅堂寺院。自此大师法道大振，海内衲子归心，遂成一丛林道场，取名“云栖寺”。

相传，文殊菩萨曾化为童子，来参访莲池大师，大师见到童子便问：

“两脚有泥，必是远方客。”

童子答：“闻知莲池水，特来洗一洗。”

大师又言：“莲池深万丈，不怕淹死你？”童子笑答：“两手攀虚空，一脚踏到底。”

通过两人的对应禅机，也可见大师道法的一斑。

大师深悲末时期的众生，业深垢重，教法衰落，禅道不明。绝不能以醍醐水贮于秽器中，所以，根据佛教所设的“三学”——戒、定、慧，其中立“戒”为基本，以“净土”为指归。亲自整饬清规，以精严律制为第一修行，命令僧众以半月为期，读诵《梵网戒经》，并著写《沙弥要略》、《具戒便蒙》、《菩萨戒疏发隐》等，阐发戒学的奥义，建立律制范例。

莲池大师崇讲诵，明因果，识罪福，重真修。凡欺世盗名者，无可施其伎俩。赏功罚过，凛若冰霜，并极力戒杀生，推崇放生。其《戒杀放生文》盛传于世，至今尝多有流通。大师所居寺前建有放生池，山中设有放生所，救赎潜游飞走诸生物。众僧也受大师的影响，从各自的口粮中节省下谷物来喂养动物。并且定期开放生法会，宣说佛法，以至善鸣噪的鸟类，一旦听到寺中的木鱼声，都能安静地听法，听后才展翅喧飞。

大师一生朴实简淡，虚怀应物，貌相温和，弱不胜衣，而声如洪钟，胸无崖岸。明因慎果，自奉俭朴。自建立道场以来，五十年中未曾妄用一钱。凡有香俸盈余，便施给其它寺庙，并施医药救百姓，修桥补路，常行不倦。直至晚年，自己还亲自动手洗衣、净溺器，从不烦劳侍者。终身一袭布衣，一顶麻布蚊帐用了几十年。

大师博通诸宗，不但是净土宗的祖师，而且也是华严宗的名僧，因此受到两宗学人的敬仰。无论是讲《华严》还是讲禅学，大师的造谐极深，并且其思想归趣皆归于净土。他认为净土教并非与其它诸宗对立，所以在他的《普劝念佛往生净土》一文中指出：“若人持律，律是佛制，正好念佛；若是看经，经是佛说，正好念佛；若是修禅，禅是佛心，正好念佛。”不仅如此，大师特别大家注重对经教的学习，他在《竹窗随笔》中指出：“我一生崇尚念佛，但也勤勤恳恳地劝人，也要看教典，因为念佛之说来自于何处？要不是佛金口玉言地所宣说，并明载于佛经中，现在的众生何以能知道十万亿刹之外，还有阿弥陀佛的极乐世界呢!其参禅的人，借口教外别传，不知道离开教而去参学是邪因，离开经教去悟是邪解”可见大师对于那些，不重看经，盲修瞎练的学佛给以了严励的指正。大师开净土一门，普摄三根，极力主张“持名念佛”，乃著《弥陀疏钞》：“今此经者，崇约该博，更无他说。单指持名，但得一心，便生彼国，可谓逾简逾约，逾妙逾玄，径中径矣!观法理微，众生心杂，杂心修观，观想难成。大圣悲怜，直劝专持名号，良由称名易故，相续即生。此阐扬持名念佛之功，最为往生净土之要……”十万馀言，融会事理，直归净土。

大师所处年代，净土一宗已然势微，且众生慧浅福薄，所以大师一生不遗余力，既调和了诸宗关系，又专弘专扬净土法门。

临终前半月，大师预知时至，到城中告别诸弟子及故友。只是告诉大家：“我将到其他地方去了。”回到山中寺院便用茶汤供养大众，作为往生前的告别。大师言：“这里我就不再住了，我要到别处去了。”七月中，大师为列祖先宗设“盂兰盆会”，当晚入佛堂喧嘱大众：“我所说的话，许多人从来就不听，我现在就象风中的残烛，灯尽油干了，有些人有朝一日，只有栽了跟头，才能信我的话。所以明天我就要远行了。”在场的大众挽留大师住世。而大师作《三可惜》、《十叹》以警策大众。第二天夜，大师入方丈室，示微疾闭目无语。城中诸弟子赶到，围绕其旁，大师方才睁眼言道：“大家老实念佛!莫作怪，以坏我规矩!”言罢，便面向西方念佛，端然而逝于万历四十三年七月初四午时。

大师一生教化众生，于明末时期享有盛名，得度弟子中既有出家僧，更有在家弟子，数以千计，其中不乏高官、名士。此时，正值法道式微之际，大师能以自身的真修实学，重振莲风，二百余年来，遗风犹在。对此，憨山大师曾盛赞莲池大师：

“惟莲池大师的才具，足以经邦济世；悟性，足以传心印；教理，足以契合根机；戒律，足以护持正法；操守，足以警励世人；规约，足以疗救时弊，若不是应身大士来开朗末世重重昏暗，谁又能做得到这些呢？”

大师一生著书，除《弥陀经疏》外，还有著名的《竹窗随笔》三卷以及《菩萨戒疏发隐》五卷、《具戒便蒙》一卷、《禅观策进》一卷、《缁门崇行录》一卷、《水陆法会仪轨》六卷、《楞严摸象记》十卷等三十余种流行于世。因大师晚年居于云栖寺，所以后世尊称他为“云栖大师”，其所有著作被后世弟子汇编于《云栖法汇》之中。